Zur Verhütung von Mangelerkrankungen ist der Blutspiegel an Elektrolyten, Kalzium, Magnesium, Phosphat, Zink, Folsäure und Vitamin B12 zu überwachen und gegebenenfalls durch vermehrte Gabe auszugleichen. Vitamin B12 muss direkt in den Muskel verabreicht werden, wenn der letzte Abschnitt des Krummdarms fehlt, in dem das Vitamin normalerweise aufgenommen wird.
Bei Überproduktion von Magensäure sollte mit einem Protonenpumpenhemmer wie Omeprazol behandelt werden. Dies bessert meist auch die Durchfälle.
Bei ausgeprägten Fettstühlen ist eine kohlenhydratreiche Kost angezeigt. Der Anteil mittelkettiger Fettsäuren (MCT) an den Triglyceriden sollte auf 50 bis 75 Prozent erhöht werden.
Gegen die Entstehung von Gallen- und Nierensteinen sind der Anionenaustauscher Cholestyramin und die Gabe von Kalzium wirksam.
Zur Verlängerung der Transitzeit des Nahrungsbreis kann es helfen, während der Mahlzeiten nicht zu trinken.